關于專項債券資金管理使用的問題，一直以來是各有關部門關注的熱點。2021年4月21日，財政部召開2021年一季度財政收支情況網上新聞發布會，會上提出，“加強專項債券管理，基于預算一體化管理系統，通過信息化手段對專項債券發行使用實行穿透式監管，及時掌握項目資金使用和建設進度等信息。”
關于“穿透式監管”的要求在《關于加快地方政府專項債券發行使用有關工作的通知》（財預〔2020〕94 號）中就有提出，文中提到，“要依托地方政府債務管理信息系統，對專項債券發行使用實行穿透式、全過程監控，動態監測地方財政、相關主管部門以及項目單位等各類參與主體，逐個環節跟蹤進展，一級抓一級，層層壓實相關主體責任，既要督促加快專項債券資金使用進度，盡快形成實物工作量，也要確保項目質量，提高債券資金使用績效，決不能亂花錢。”
為切實加強專項債券資金管理，讓專項債券資金使用的更加合法合規合理。各地區也探索了專項債券資金賬戶管理的具體內容，地方政府專項債券屬于債券的范疇，同時也必須遵循債券的基本原則：
1. 專款專用原則
確保專項債券募集資金只用于債券信息披露文件所約定的項目，是《關于試點發展項目收益與融資自求平衡的地方政府專項債券品種的通知》（財預〔2017〕89號文的主要精神和基本要求。債券資金專款專用，也是審計、監督和檢查的重要考察內容，并應以項目定期披露方式向債券投資者報告。
2. 規范管理原則
項目單位開設債券資金專戶，并與專戶銀行簽訂規范的服務協議，可借助商業銀行的專業經驗和人力資源對債券資金的使用進行規范管理。同時，項目單位選擇開戶銀行時也應采用規范的方式，提供了很好的參考依據。
3. 接受監管原則
專項債券屬于地方政府債券，執行法定限額管理，納入政府性基金預算，由財政部門辦理發行兌付。《關于地方政府債券發行管理辦法》財庫〔2020〕43號文中第六條，地方財政部門應當在國務院批準的分地區限額內發行地方政府債券。新增債券、再融資債券、置換債券發行規模不得超過財政部下達的當年本地區對應類別的債券限額或發行規模上限。
4. 定期報告和披露原則
《關于地方政府債券發行管理辦法》財庫〔2020〕43號文中第十四條，地方政府債券到期前，地方財政部門應當按有關規定持續披露經濟運行、財政收支、政府債務管理情況、跟蹤評級報告以及可能影響債券償還能力的重大事項等。專項債券還應當披露項目收益、對應的政府性基金或專項收入情況等。債券發行后確需調整債券資金用途的，地方財政部門應當按程序報批，經省級人民政府或省級人大常委會批準后及時披露相關信息。
在實際操作中地方政府專項債券資金賬戶遵循的思路：
專項債券項目涉及的所有資金均采取“封閉式”管理,專款專用，專項用于項目建設和運營。同一個項目單位發行兩個或兩個以上專項債券所募集的資金，應分別設立獨立的債券資金專戶。項目實施部門和運營單位應分別開立項目債券資金托管賬戶和償債資金賬戶。項目建設階段,政府專項債券資金托管賬戶專門用于政府專項債券募集資金的接收、存儲及劃轉,不得用作其他用途。項目運營期間所有項目專項收入必須全部進入償債資金賬戶,償債資金賬戶專門用于項目專項收入及項目運營支出費用的接收、存儲和劃轉,不得用作其他用途。
隨著專項債券相關政策的進一步完善，監管手續、流程的進一步嚴格，可以預見，關于地方政府專項債券運營期的賬戶資金管理將是一個值得深入研究的課題。
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