美國科學院理事會是科學院的最高管理機構，下設多個職能部門，包括：
科學院理事會。由科學院的公職人員與其他12名院士組成，是科學院內最高管理機關，負責制定各種決議文件和監管其他部門的重要事務，以及其他科學院相關事務。
執行委員會。由科學院院長、副院長、內務秘書、財務主管和另外3人的7名成員組成執行委員會，科學院院長與內務秘書分別任執行委員會主席與秘書。
財務委員會。財務委員會由科學院財務主管、院長以及院長指定的不超過6名的院士組成，負責科學院所有財務資源的管理和相關事務。
國家研究理事會。理事會的管理委員會成員包括：科學院院長、副院長、財務主管和3名科學院理事會的成員；工程院院長和4名工程院理事會的成員；醫學院院長和1名醫學院理事會的成員。理事會的執行委員會成員包括：科學院院長和2名科學院理事會的成員；工程院院長和1名工程院理事會的成員；醫學院院長。
公職人員。美國科學院的公職人員有院長、副院長、內務秘書、外事秘書和財務主管各1名。
美國科學院按專業領域設有6個學團：物理學與數學、生命科學、工程與應用數學及物理學、醫學、行為學與社會學、應用生物學與農業科學。然后在每一學團內再根據院士專業劃分學部。現在共有31個學部。
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