科研控制
《國家重點研發計劃資金管理辦法》配套實施細則（國科發資[2017]261號）規定，關于勞務費的預算編制：承擔單位為事業單位的，在編人員工資不得編列勞務費；承擔單位為企業的，除為課題實施專門聘用的人員外，其他在職人員工資不得編列勞務費；上述人員可以在課題間接費用的績效支出中列支。同時，國家相關政策法規對科研及成果轉化的稅務要求也是非常嚴格的。具體解讀如下：
一、審計控制
按照《中央財政科技計劃項目（課題）結題審計指引》（2022年6月29日）要求，要加強對勞務性支出的審計：一是檢查是否存在通過編造虛假勞務合同、虛構人員名單等方式虛報冒領勞務費和專家咨詢費的情況。二是檢查是否存在超范圍列支的情況，如事業單位的在編人員工資、企業在職人員工資等。三是開支內容不符合預算科目具體支出范圍，如在勞務費列支項目組成員中在職人員津補貼、助研人員獎學金、論文評審費，在專家咨詢費中列支某某公司咨詢費。四是列支發生在研究周期內，開支內容與預算相符，但與項目研究缺乏相關性的費用。五是項目承擔單位收到資金時從該科目一次性列支大額勞務費，沒有按月發放。
二、稅務控制
1、關注重點：一是企業有大量的在職人員（企業在冊員工）參與科研項目研究，可以將直接參與重點研發計劃項目的研究人員工資薪金及“五險二金”等費用確認為重點研發計劃課題的自籌資金投入，符合高新技術企業要求的，享受研發費用加計扣除所得稅優惠。二是專利權屬于單位的可以報銷專利申請費，專利權屬于個人的自己承擔，單位不給報銷；如果有科研項目，也可以從科研經費里報銷；如果專利權使用醫院資金報銷專利申請費，任何個人無權轉讓。
2、控制重點：計算機軟件等著作權轉讓的涉稅問題。
一是個人專著轉讓，依據(財稅2016年36號)個人轉讓專著免征增值稅，依據個人所得稅法正常繳納個人所得稅。二是企業專著轉讓，依據(財稅2016年140號)，按3%繳納增值稅，按正常比例繳納附加稅、水利基金、企業所得稅，按萬分之五繳納印花稅。三是發放給科技人員的現金獎勵，可減按50%計入科技人員當月薪金中依法納稅。四是免征只針對個人轉讓，企業不存在免征，一個專利單獨屬于個人才免稅。五是依據(財稅2018年58號)(自施行后3年內可享受此政策)要想免交增值稅必須是將個人與企業分開，如果不分開必須交稅。六是屬于財政專項資金獲得的專利產生的費用不能進行稅前抵扣，只有企業或者個人資金產生的費用可以稅前抵扣；個人不存在抵扣，不交企業所得稅，只交個人所得稅。
三、績效控制
1、合理核定績效工資總量。分配績效工資時，要向承擔國家科研任務較多、成效突出的科研人員傾斜。借鑒承擔國家關鍵領域核心技術攻關任務科研人員年薪制的經驗，探索對急需緊缺、業內認可、業績突出的極少數高層次人才實行年薪制。
2、動態調整績效工資水平。人力資源和社會保障廳、財政廳結合直屬高校、科研院所的實際情況，特別是財政科研項目可用于支出人員績效的間接費用等實際情況，動態調整其績效工資水平和績效工資總量。
3、落實科技成果轉化獎勵激勵政策。各單位要落實《中華人民共和國促進科技成果轉化法》和各《省、市、自治區促進科技成果轉化條例》等相關規定，加快科技成果轉化步伐。同時，強調科技成果轉化現金獎勵計入所在單位績效工資總量，但不受核定的績效工資總量限制，不作為核定下一年度績效工資總量的基數，加大對科研人員激勵力度。
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