科技檔案的整理工作，就是按照一定的原則和方法，對科技檔案進行系統整理和編目，并將其內容與成分揭示出來的一種工作。
科技檔案的系統整理，包括對于科技檔案的科學分類、組織、保管單位和有秩序地排列?？萍紮n案全部整理工作，是通過歸檔前將科技文件材料組成保管單位，并將保管單位進行基本編目，然后在歸檔后所進行的工作。
整理內容包括組卷、排列、編目、裝訂、入庫上架等工序，由科技檔案部門獨立完成。
1.組卷
（1）科研檔案的組卷
按照課題階段分別組卷，包括可行性研究、立項、方案論證、研究實驗、總結鑒定、成果和知識產權申報、推廣應用等階段。
（2）項目檔案的組卷
- 項目前期文件、項目管理文件：按照事由結合時間順序組卷。
- 招標投標、合同文件：按招標的標段、合同組卷。
- 勘察、設計文件：按階段、專業組卷。
- 施工技術文件：按照單位工程、分部工程或裝置、階段、結構、專業組卷。
- 竣工圖：按建筑結構、水電、暖通、電梯、消防、環保等順序組卷。
- 原材料質量證明文件：按單位工程組卷。
- 信息系統開發文件：按應用系統組卷。
- 設備文件：按專業、系統、臺/套組卷。
- 監理（監造）文件：按監理的合同標段、事由結合文件種類組卷。
- 科研項目文件：按科研項目（課題）組卷。
- 竣工驗收文件：按工程階段、事由結合時間順序組卷。
（3）設備檔案
按設備的臺（套）為單位組卷，一臺（套）設備可以組成一卷或者若干卷。
2.案卷排列
科技檔案案卷排列要遵循其形成規律，按照系統性、成套性的特點進行排列。
（1）科研檔案的排列
按課題可行性研究立項、方案論證、研究實驗與過程管理、總結鑒定、成果和知識產權申報、推廣應用等階段排列。
（2）項目檔案的排列
- 項目前期文件、項目管理文件：結合主題、事由按時間順序排列。
- 施工文件：按照綜合管理、施工技術支撐、施工（安裝）記錄、檢測試驗、評定驗收的順序排列。
- 信息系統開發文件：按照需求、設計、實施、測試、運行、驗收的順序排列。
- 設備文件：質量證明、開箱驗收、隨機文件、安裝調試、檢測試驗和運行維修的順序排列。
- 監理文件：按照依據性、工作性文件順序排列。
（3）設備檔案的排列
按照購置文件、隨機文件、安裝文件、使用維護文件等順序排列，數量較少的也可以直接按照年度大流水排列。
3.卷內文件排列
科技檔案卷內文件一般應文字在前，圖樣在后；譯文在前，原文在后。案卷內管理性文件按問題結合時間（階段）或重要程度排列。
（1）圖樣文件排列：
形成時編制了圖樣目錄，只需要按已編制的圖樣目錄順序排列即可。
形成時沒有編制圖樣目錄，排列圖樣一般按總體和局部關系排列。排序為：總體布置圖、系統圖、平面圖（立面圖、剖面圖）、大樣圖等。
總體性、綜合性的圖樣在前，局部性的圖樣居中，細部的、大樣性的圖樣在后。
（2）文字文件排列：
按重要程度排列，重要文件在前，次要文件在后：按時間排列，按照科技文件的形成時間或者內容所反映的時間排列；按照科技文件之間的邏輯關系排列，對反映同意問題的來問和復文，正文和附件，復文在前，來文在后，正文在前，附件在后，正本在前，定稿在后。
（3）圖文混合文件的排列：
案卷內的文字文件對整個對象（產品、工程、課題等）或整個案卷（部件、專業等）或多份圖樣進行的總體說明，則文字文件在前，圖樣在后；案卷內的文字文件只是對案卷內的某份圖樣文件進行補充或局部性的說明的，則圖樣在前，文字在后。
4.裝訂
（1）去除易氧化的金屬裝訂用品。
（2）卷內文件超出卷盒幅面的，應折疊。圖紙要按A4大小折疊成手風琴式。
（3）對于破損的、小于A4幅面的文件要修復和托裱
（4）成冊的科技文件小于A4幅面的保持原樣不變。
（5）以件為單位裝訂的，在每件文件的首頁右上角加蓋檔號章。
（6）一般采用三孔一線的方式裝訂。
5、編寫卷內文件頁碼
（1）卷內文件以件為單位編寫頁碼，以有效內容的頁面為一頁。
（2）統一采用阿拉伯數字從“001”開始依次標注。
（3）印刷成冊的已有也好的文件可以不再重新編寫頁碼。如成套圖樣、說明書、論文等，在編制時已經編有頁碼，就不必另行重復編碼。
（4）卷內目錄、卷內備考表不編寫頁號。
6.編制卷內目錄
卷內目錄應排列在卷內文件首頁之前。
（1）序號：使用阿拉伯數字從01起一次標注卷內文件的順序。
（2）文件編號：填寫文件文號或圖樣的圖號、設備代號、醒目代號。
（3）責任者：填寫文件形成者或第一責任者。
（4）文件題名：填寫文件或圖紙的全稱，文件沒有題名的，應由立卷人根據文件內容擬寫題名。
（5）日期：填寫文件或圖紙的形成時間，要求以8位阿拉伯數字標注年月日。
（6）頁號（以卷為單位裝訂）：填寫每件文件首頁上標注的頁號，最后一件文件寫起止頁號。
（7）頁數（以件為單位裝訂）：卷內文件以件為單位，采用不裝訂組卷的，填寫每件文件總頁數。
7.填寫案卷封面和脊背
（1）檔號：由全宗號、分類號（項目代號或者目錄號）、案卷號組成：
全宗號：需向檔案館移交的檔案，其全宗號由負責接收的檔案館給定，不向檔案館移交的科技檔案可不填寫全宗號。
分類號：根據本單位分類方案設定的類別號確定。
項目代號：由所反映的產品、課題、項目、設備儀器等的型號、代字或者代號確定。
目錄號：目錄編號。
案卷號：填寫科技檔案按一定順序排列后的流水號。
（2）案卷題名：
簡明、準確的揭示卷內科技文件的內容，主要包括產品、科研課題、建設項目、設備儀器名稱或者代號，結構、階段名稱、文件類型名稱等。
（3）立卷單位：
填寫負責組卷部門或者單位。
（4）起止日期：
填寫卷內科技文件形成最早和最晚時間，以8位阿拉伯數字標注年月日。
（5）密級：
填寫卷內科技文件的最高密級。
（6）保管期限：
填寫組卷時依照有關規定劃定的保管期限。
8.填寫卷內備考表
（1）互見號：
填寫反映同一內容而載體不同且另行保管的檔案的檔號，并在括號內注明其載體類型。
（2）說明：
標明案卷內全部文件的件數、頁數，卷內文件殘缺破損的情況，在組卷和案卷提供使用過程中需要說明的問題。
（3）立卷人：
由立卷責任者簽名，一般是檔案整理者。
（4）立卷日期：
填寫完成立卷的時間。
（5）檢查人：
由案卷質量審核者簽名，一般是科技項目的負責人，或者檔案室主任、鑒定小組組長。
（6）檢查日期：
填寫案卷質量審核的時間。
9.編制案卷目錄
案卷目錄是案卷的名冊，是著錄案卷內容并固定檔案的分類體系和案卷排列順序的一覽表，是檔案檢索、統計和管理的必要工具?？萍紮n案案卷目錄一般按照一級類目分別編制，即科研、項目、設備檔案分別編制案卷目錄。
案卷目錄上的檔號、案卷題名、保管期限應與案卷封面上的內容一致。
10.入庫上架
按照檔案密集架從上到下，從左到右的順序進行排列。科技檔案一般歸檔周期長，一個項目的科技檔案不一定能夠一次完成。所以，科技檔案排架按最小類目進行排列，并在后面都要留有相應空間，以便存放新增檔案。
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